一項新的研究表明，即使考慮福島第一核電站事故的賠償費用，日本核能發電成本仍可能低于化石燃料。

日本能源經濟研究所（IEEJ）說，過去五年核能發電成本穩定在每千瓦時7.00日元（0.09美元）左右。然而，即使將高達10萬億日元（1300億美元）的核事故損失或損害賠償金考慮進去，核反應堆發電成本也只增加到約每千瓦時8.50日元（0.11美元）。

IEEJ表示，過去五年間化石燃料發電成本平均為每千瓦時10.20日元（0.13美元），而可再生能源（主要是地熱）的成本平均為每千瓦時8.90日元（0.12美元）。然而，研究報告稱，與核能發電不同，過去五年間，由于進口燃料成本的波動，化石燃料發電成本在9日元至12日元之間大幅波動（$0.12到$0.16）。

IEEJ的計算基于過去五年中12家日本電力公用事業公司公布的財務報告，但這是在2011年3月的地震和海嘯之前。研究內容包括現有反應堆的退役費用，但不包括研究和開發費用或支付給核電廠所在地社區的費用。

日本自身自然資源匱乏，其主要能源需求的84％左右依賴進口，其電力的30%來自于50個左右的核反應堆。在日本基本能源計劃中已提到大幅擴大核能利用——到2030年，超過50％的電力將來自核電。

政府某委員會在2004年所做的成本估算為大幅擴大核能利用奠定了基礎。當時，核能發電的成本為每千瓦時5.30日元（0.07美元），是最便宜的發電方式，而石油的發電成本為10.70日元（0.14美元），煤為5.70日元（0.07美元），天然氣為6.20日元（0.08美元），水為11.90日元（0.16美元）。

日本前首相菅直人在福島核事故后的幾天內很快宣布將從根本上評估其能源政策。當時他表示，和化石燃料一樣，核電仍將是能源系統的支柱。他的想法是使可再生能源成為能源系統的另一支柱，同時提高效率以控制電力需求。他也談到了未來日本放棄利用核能的個人觀點。

菅直人的繼任者野田佳彥于今日上任。雖然從未公開認同菅直人對核能的看法，但他呼吁對核行業進行強有力的獨立監管，以減少日本對核的依賴。野田支持重啟日本停運的反應堆。目前，現有54座核反應堆中只有12座在運行。