3月31號，自然之友、山水自然保護中心、達爾問自然求知社、公眾環境研究中心等環保組織及北京大學生命科學院教授呂植等多名專家學者聯名發出公開信，呼吁緊急叫停得不償失的小南海水電站（前期）工程，嚴格依法保全長江干流唯一的國家級魚類保護區。該公開信正在通過正常渠道遞交國務院和重慶市政府。

重慶市擬建小南海水電站致“長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區”受到威脅一事日前引發社會強烈關注，網民紛紛發出“保護長江珍稀魚類”的聲音。然而，小南海水電站“三通一平”工程奠基儀式已于3月29日舉行，前期工程建設在即。

在公開信中，環保組織和專家學者強烈呼吁國務院、有關部門和重慶市政府慎重決策，避免因該電站的開發建設造成的無法彌補的生態破壞和巨大浪費。

公開信表示，建設小南海水電站既不科學，也不經濟。該電站不僅將阻斷長江上游珍稀特有魚類遷徙繁衍最后的生態通道，對長江上游的水生生態系統將造成毀滅性影響，而且它也沒有重要的能源戰略意義，更沒有突出的經濟效益。環境代價極大，而發電效益有限，重慶長江小南海水電站建設得不償失。

環保組織和專家學者呼吁：暫停小南海水電站“三通一平”的施工，重新評估小南海水電站建設的利弊得失，嚴格依法保全長江干流唯一的國家級魚類保護區；召開公民聽證會，廣泛聽取四川、重慶、貴州、云南四省市各利益方意見；充分采取措施，保持自然保護區的完整性和生態功能，以此保護區為重點案例，進行全國自然保護區管理與保護的轉型調研和工作，并著手加強保護效果，避免因開發建設造成的破壞；考慮替代方案解決重慶電力供應問題。