對于剛剛擺脫了特殊困難時期的煤炭行業來說，增加投入提升行業整體競爭水平、實現可持續發展的任務依然繁重。但近幾年來，有關煤炭企業的稅費增支政策密集出臺，致使煤炭行業稅費負擔過重。在已經上調了煤炭增值稅以及各地相繼征收煤炭價格調節基金的基礎上，近期還將提高煤炭資源稅征收標準。
然而，中國煤炭行業議價能力不強，成本增支未能充分傳導到下游行業，加之受國際金融危機影響，煤炭需求不振，導致煤炭行業經濟效益下滑，虧損面增加。因此高稅費有悖于國家降低企業稅負、支持企業發展、提振發展活力的國家政策導向，不利于整個煤炭行業的健康發展。
資源賦存差，經濟投入大
我國煤炭資源賦存條件較差，絕大多數是井工礦井，地質條件復雜，災害類型多，水、火、瓦斯、煤塵、頂板“五毒俱全”，在世界各主要產煤國家中屬于開采條件最差、災害最嚴重國家。這使得我國煤炭行業國際競爭力較差，要參與國際競爭，須在開采、安全以及環境治理方面投入相對較多的經濟資源。
據調查，在國有重點煤礦中，地質構造復雜或極其復雜的煤礦占36%，地質構造簡單的煤礦占23%，地質構造中等或中等-復雜的煤礦占41%。我國垂深1000米以淺煤炭預測資源量只占到50%左右。目前，大中型煤礦平均開采深度達600米左右，部分煤礦開采深度已達1000米以上，如新汶開采深度已達1300米。而美國煤層埋深以600米居多，澳大利亞多數在250米左右。
國內煤層所處地質條件復雜，開采礦井多數都存在五害。我國煤田地質構造是由多個板塊碰撞擠壓，經歷多次強烈地殼運動、地質改造后形成，因此開采礦井災害類型多、分布面廣。僅國有重點煤礦中，高瓦斯礦井占21.0%，水害嚴重的礦井占27%，具有自然發火危險的礦井占47.3%，而具有煤塵爆炸危險性的煤礦占87.37%。而在頂板條件和沖擊地壓危害方面，我國多數大中型煤礦頂板屬于Ⅱ類、Ⅲ類，Ⅰ類頂板約占11%，Ⅳ類、Ⅴ類頂板約占5%；在大中型煤礦中，具有沖擊地壓危險的占5.16%，隨著開采深度的增加，現有沖擊地壓礦井的沖擊地壓頻率和強度還在不斷增加。
不僅如此，相對于世界上其它主要產煤大國，我國運輸成本較高，如果我國煤炭開發也像其它主要產煤國一樣保持正常、合理的經濟投入，那么，在其它主要產煤國保持正常盈利狀態下，我國煤炭產業應該享受國家的巨額補貼。
目前我國煤炭產業仍然保持著相當可觀的盈利，是因為我國煤炭產業存在嚴重的成本“空洞”，已經投入的經濟資源也多是低質、廉價資源。截至目前，煤炭企業尤其是大型煤炭企業社會負擔仍然較重，行業技術裝備水平低、生產方式落后，安全生產水平與國際水平差距大，職工受教育年限低于全國平均水平，職工工資水平與工作環境極不協調。
稅費負擔過重，企業難以承受
由于我國地質條件復雜，開采難度大，加之煤礦生產力總體水平較低，絕大多數的中小煤礦機械化程度低、抗災能力差，因此煤礦開采和災害治理的一些重大的基礎理論和重大關鍵技術還需要攻關。隨著國家煤礦安全標準不斷提高，煤礦投入將不斷增加，煤炭剛性成本將不斷上升。面對國際金融危機和國民經濟周期性調整帶來的挑戰，煤炭企業發展將遇到越來越多的困難和風險，如果再過多地出臺增加企業成本費用的政策，勢必超出煤炭企業的承受能力，終將對煤炭工業發展帶來嚴重的負面影響。
第一，針對煤炭行業的收費項目十分繁雜混亂。近幾年，煤炭經濟形勢較好，企業經濟效益有所提高，為推動煤炭成本完整化進程，政府出臺了一系列政策（如建立安全投入制度、資源有償使用制度、環境補償制度等），從長遠看這些政策有利于煤炭工業可持續發展。
但是，由于我國煤炭行業管理分散在多個部門，除兩家中央企業（神華和中煤）外的煤炭企業全部由地方政府直接管理，地方政府加快發展的愿望和動力強勁，同時中央和地方財稅體制和分配制度存在一些缺陷。
一方面，部門出臺的政策多從本部門角度考慮，缺乏統籌協調，個別部門為使本部門出臺政策能夠得到支持，甚至容忍相關部門出臺不適當政策。一些強勢部門為了自身利益，千方百計地保留有悖社會主義市場經濟體制要求的收費項目（如鐵路建設基金等）。同時，一些部門在出臺新的經濟政策時不注重對過去相關政策的梳理、調整和廢止，而是簡單的疊加（如在資源類稅費中就有資源稅、資源補償費、資源價款、采（探）礦權價款、采（探）礦權使用費等），導致與煤相關的增支政策密集出臺，征收標準不斷提高，且稅費重復征收。
另一方面，地方亂收費問題凸顯。一些地方政府違規設立收費項目，屬于地方公共財政支出的事項采用亂攤派方式籌集（如修路）。甚至一些鄉鎮、街道、村民委員會（居民委員會）也向企業伸手要錢要物。上述針對煤炭行業的繁雜、混亂的收項目，使煤炭企業負擔越來越沉重。
第二，當前的稅費負擔已經超過企業的承受能力。據財政部和稅務總局2008年上半年調查，山西焦煤、陽煤集團2008年稅費（包括企業繳納職工養老保險等各種收費，以下同）占銷售收入的比重分別高達34.8%和37.9%。據中國工業協會調研，湖南、江西、云南、貴州四省煤炭企業各類稅費總額占到企業銷售收入的17%-35%；陜西煤業化工集團稅費總額占銷售收入的比重高達35%，隨著水土流失補償費的征收、資源稅改革方案的逐步出臺，集團噸煤成本增支20元以上，稅費總水平將超過40%。加之一些地方政府亂收費，煤炭企業稅費負擔超過企業的承受能力。
第三，增值稅轉型后，煤炭行業實際稅負明顯提高，行業間稅負不公平問題越來越突出。增值稅轉型后，煤炭增值稅由原來的13%恢復到17%，允許抵扣煤礦新增的生產用設備增值稅進項稅。但煤礦生產用固定資產多在安全補欠和技術改造期間集中建設形成，正常生產期間新增生產用固定資產較少，相應增值稅進項稅抵扣少。據對部分大型煤炭企業分析測算，增值稅轉型后，煤炭實際增值稅負提高2.5～3.89個百分點，達到9.82%～11.21%，是全國平均水平3倍多。
可見這種稅收制度設計沒有體現公平稅負的原則，與煤炭的基礎能源產業地位不相符，不利于煤炭產業的健康發展。據調查，山東新汶礦業集團轉型后增加稅負2.72個百分點，實際增值稅負達到13.01%；開灤（集團）公司增加3.33個百分點，增值稅負提高到13.69%；淮南礦業集團公司增加3.89個百分點，增值稅負提高到13.82%。
第四，多個省份違規出臺煤炭價格調節基金和其他收費項目。按照國家規定，省級政府出臺價格調節基金要報財政部批準，重大項目要國務院審批。據了解，目前有12個省（自治區、直轄市）和部分地、市及縣政府設立煤炭價格調節基金沒有到財政部或國務院批復，屬違規設立項目，而且收取標準隨意性大。
從各省出臺政策看，原煤、洗精煤、焦炭征收的最高標準分別達到40元/噸、60元/噸、80元/噸。違規收取煤炭價格調節基金不僅增加企業成本，影響煤炭企業收益，降低企業競爭力，而且還會推動煤炭價格上漲。以7月1日開始征收調節價格基金的內蒙古為例，在征收調節基金之前，蒙煤和晉煤港口價格相差無幾，蒙煤因成本低而具有競爭力，但征收調節基金后蒙煤成本增加，而港口價格略有下調，征收的價格基金不可能向下游行業轉移，只能企業內部消化，增加企業運營成本，造成蒙煤競爭力下降，也壓縮了煤炭企業利潤空間。
此外，一些省份相繼設立了交通建設費、水資源補償費等行政性收費項目，如黑龍江省今年向煤礦按噸煤10元開征交通建設費，陜西省開征水土流失補償，噸煤征收1-5元。
第五，資源稅改革很可能近期出臺。據財政部安排，今年煤炭資源稅還將由從量計征改為從價計征，相應提高征收標準。同時，資源型企業可持續發展準備金也很可能在下半年開征，標準為噸煤15～30元，兩項合計將增加噸煤支出30～60元。
成本傳導不暢，虧損面增加
煤炭行業歷史欠賬較多，自身挖潛空間十分有限；同時行業議價能力不強，向下游傳導不力，尤其是電煤定價機制不完善，國有重點煤礦犧牲自己利益，將大量本可高價銷售的煤炭低價供給五大發電集團，造成多種成本增支沒有轉移出去，導致煤炭行業經濟效益下滑，虧損面增加，目前多數原國家統配煤礦處于微利或虧損狀態。
首先，煤炭行業受成本“空洞化”困擾，自身消化增支成本能力不強。如前所述，煤炭賦存條件較差，隨著開采深度的增加，所需要的安全投入以及環境治理費用明顯增加；同時行業存在較多經濟欠賬，落后的生產方式、低下的職工素質以及工資水平，都需要大量資金來改善和提升。
其次，煤炭行業處于產業鏈上游，向下傳導能力較差。煤炭行業議價能力不強，向下游傳導不力。一方面是電煤定價機制不順，“市場煤”與“計劃電”的矛盾一直困擾煤炭行業發展，導致電煤合同價格長期低于市場交易動力煤價格，部分企業電煤價格甚至低于煤炭成本；另一方面，鋼鐵等下游行業不景氣，出現虧損，對成本增加的承接能力不強，鋼鐵行業自去年10月份以來，一直虧損，在1-5月份71家大中型鋼鐵企業中，仍然有25家虧損。
再次，行業潛在過剩壓力加大，成本傳導不力。今后一段時期部分新建、改擴建和技改煤礦也將相繼竣工投產和達產，尤其是在三季度山西省地方煤礦將陸續復產，煤炭產量增速會進一步加快，供大于求的風險明顯加大，預計煤炭成本增加向價格的傳導將更加困難。
最后，煤炭行業效益下滑，虧損面增加。1-5月，規模以上煤炭企業實現利潤678.2億元,同比增長4.2%，比上年同期增幅回落16.7個百分點。煤炭工業協會統計的95家大型煤炭企業實現利潤464.1億元,同比增長1.1%，比同口徑產量增幅低9.6個百分點，比上年同期增幅回落64.6個百分點。其中，利潤額排在前10家的企業占79.8%，其他企業處于微利或虧損狀態。
5月末，規模以上煤炭企業應收帳款1149.9億元，同比增長53%，比上年同期增幅上升35.8個百分點。1-5月，大型煤炭虧損企業達到11個，虧損面為11.57%，虧損企業同比增加5個，虧損面同比增加5.26%。政策性增支對煤炭行業盈利空間的壓縮將更加明顯，煤炭企業虧損面很可能進一步擴大。